يدير المركز لجنة إدارة، ويتكون الهيكل التنظيمي له من : مكتب شؤون اللجنة والمتابعة ، مكتب الشؤون القانونية ، مكتب المراجعة ، وستة إدارات منها إدارتان لتنفيذ المشروعات هما إدارة المشروعات الصناعية والتقنية ، وإدارة البحوث الجيولوجية والتعدين وباقي الإدارات خدمية مكملة تمدهم بالباحثين ولتقديم الخدمات الفنية والمعملية والمالية والإدارية لهم ،بحيث يمكن الاستفادة القصوى قدر الإمكان من الباحثين والإمكانيات المتوفرة للتغلب علي النقص قي القوى البشرية من الباحثين والعلميين والمهندسين .
تنظيم مقابلات الأمين واتصالاته وتلقي المكاتبات وإعداد المراسلات وحفظ الملفات والأوراق الخاصة به وتوفير البيانات والمعلومات التي يطلبها
